Suite à la réforme de 1996, le Parlement vote chaque année la Loi de financement de la sécurité sociale (LFSS) et fixe l'objectif national des dépenses d'assurance maladie (Ondam). Le Parlement se prononce ainsi sur les prévisions de recettes et les objectifs de dépenses de la sécurité sociale, ce qui met en jeu des masses financières supérieures à celles du budget de l’État.

Plus précisément, l’article 34 de la Constitution dispose que les lois de financement de la sécurité sociale « déterminent les conditions générales de son équilibre financier et, compte tenu de leurs prévisions de recettes, fixent ses objectifs de dépenses, dans les conditions et sous les réserves prévues par une loi organique ».

Le contenu, la structure et la présentation des LFSS sont régis par des dispositions organiques particulières qui ont été modifiées par la loi du 2 aout 2005. Cette réforme de la loi organique relative aux lois de financement de la sécurité sociale a pour objectif de moderniser le pilotage financier de la sécurité sociale, pour donner plus de lisibilité, de crédibilité et de sens aux lois de financement de la sécurité sociale.

La mission d’évaluation et de contrôle des lois de financement de la sécurité sociale (MECSS) suit de manière permanente l’application des lois de financement de la sécurité sociale. La Cour des comptes assiste le Parlement et le Gouvernement dans le contrôle de l'application des lois de financement de la sécurité sociale, en publiant chaque année au début du mois de septembre, un rapport sur la sécurité sociale. Ce rapport analyse l’ensemble des comptes des organismes de sécurité sociale, rend compte de l’exécution de la loi de financement de l’année précédente et présente les résultats d’enquêtes thématiques réalisées par la Cour.